令和６年４月国税庁調査課「調査手続等に関するFAQ・実施例（シナリオ）【調査課関係】」

令和６年４月国税庁調査課「調査手続等に関するFAQ・実施例（シナリオ）【調査課関係】」の紹介です。以下は、その「目次」です。

※ 本FAQ・実施例の内容については、基本的事項（疑義の生じやすい事項）を中心に現段階における考え方を整理したものとなっています。
したがいまして、本資料の内容は、今後の検討により修正される場合があります。
なお、本資料は、国税庁行政文書取扱規則及び行政文書の庁舎外への持ち出し等に係る事務運営指針等に則り、厳正・的確に管理願います。

目次
第１章調査手続等に関するFAQ
Ⅰ 実地の調査 ………………………………………………………………… １
１共通 ……………………………………………………………………………………… １
（１）事前通知 ……………………………………………………………………………… １
（通知の方法）
問Ⅰ１－１納税義務者から電話ではなく書面で事前通知してほしいとの申出があった場合、どのように対応するのか。
問Ⅰ１－２事前通知を行った後、調査を効率的に実施する観点から、事前に準備しておいてもらいたい帳簿等の一部を臨場して伝える行為は質問検査権の行使（帳簿等の提示・提出を求める行為）に該当するのか。
問Ⅰ１－３実地の調査以外の調査として納税義務者に接触する場合、どのように調査であることを伝えればよいか。
（事前通知の有無）
問Ⅰ１－４更正決定等を目的として、申告書に記載された内容を確認するための来局依頼を行う場合、事前通知は必要か。
問Ⅰ１－５実地の調査中に、調査対象法人が他の法人（他局所管）に吸収合併された場合、合併法人の所轄部署において当該実地調査を継続することになるが、合併法人所轄部署が臨場する際は改めて事前通知を行うのか。
（事前通知の通知事項）
問Ⅰ１－６連携調査の場合は、どのように事前通知を行うのか。
問Ⅰ１－７調査課所管法人の法人税・消費税の調査と、署の源泉所得税の調査を同時期に行うこととなったが、事前通知はそれぞれで行うのか。
問Ⅰ１－８実地の調査において事前通知を行う場合、何事業年度分を調査対象の課税期間として通知すべきか。
（事前通知の相手方）
問Ⅰ１－９法人に対して調査通知や事前通知などを行う場合、使用人である経理部長等に対して行ってもよいか。また、その場合、どの役職の者であれば通知の相手方としてよいのか。
問Ⅰ１－１０納税義務者から「税務調査に関することは全て税務代理人を通してほしい」と言われた場合でも、納税義務者本人に対し事前通知事項を全て通知する必要があるか。
問Ⅰ１－１１実地の調査以外の調査として納税義務者に接触する場合、税務代理人に対して調査を行う旨通知する必要があるか。
問Ⅰ１－１２官公庁、公益法人などの調査において、あて職で代表者となっている場合の事前通知は誰にどのように行うのか。
問Ⅰ１－１３合併法人に調査を実施する際、被合併法人の合併前の事業年度も調査対象期間に含めて調査を実施する場合の事前通知の方法如何。

（調査範囲の拡大）
問Ⅰ１－１４事前通知した事項以外の事項について質問検査等を行う場合には、新たに事前通知を行うのか。
問Ⅰ１－１５法人税の当初申告が赤字申告であり、復興特別法人税の申告がなかったため、事前通知の際には調査対象税目に復興特別法人税を含めていなかった場合において、調査の過程で法人税が黒字申告となる可能性が生じたため、復興特別法人税の期限後申告が必要と思料されることとなった場合には、復興特別法人税について新たに事前通知を行うのか。
問Ⅰ１－１６例えば、事前通知した調査対象期間では何ら非違が認められないため、更に調査対象期間より前の期間の帳簿書類等の提出を求めることは可能なのか。
（２）事前通知を要しない調査 …………………………………………………………… ４
問Ⅰ１－１７他局からの依頼により、事前通知を行うことなく受託調査を実施することとなったが、事前通知の要否は、誰が判断するのか（決裁権者は誰か）。
問Ⅰ１－１８グループ法人など複数の納税義務者を調査する場合、事前通知を行うか否かの判断は、個々の納税義務者ごとに行うのか。個々の納税義務者で判断するとした場合、無予告調査の適否の判断が納税義務者により異なっていた場合は、どのように対応するのか。
（３）提出物件の留置き …………………………………………………………………… ５
問Ⅰ１－１９実地の調査において、書類保管用のキャビネットの鍵や、事務所内に入退出する際に利用するＩＤカードを預かる場合、「預り証」の作成・交付を行う必要はあるか。
（４）調査終了の際の手続 ………………………………………………………………… ６
（問題点等の提示等）
問Ⅰ１－２０実地の調査において、問題点等の提示等を行う際に、納税義務者に対し、修正申告書等の提出の意向を確認することは問題ないか。
目-4
（更正決定等をすべきと認められない旨の通知書）
問Ⅰ１－２１実地の調査以外の調査には、「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」の送付は不要なのか。
問Ⅰ１－２２いわゆる粉飾決算であることが認められ、調査を終了した場合、「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」を送付するのか。
問Ⅰ１－２３実地の調査の結果、把握した非違金額が青色申告欠損金の切捨て金額に満たないため更正決定等を行わない場合、「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」を送付するのか。また、後に「新たに得られた情報」に基づき再調査を行う場合、当該非違事項を取り込んだ更正決定等は可能か。
問Ⅰ１－２４合併法人に対して「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」を送付する場合、被合併法人の事業年度についても別途「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」を送付するのか。
（調査結果の内容説明）
問Ⅰ１－２５実地の調査の結果、全調査対象課税期間が更正決定等をすべきと認められない場合には、その旨、法令上の調査結果の内容説明を行う必要はあるか。また、「調査結果の説明書」を作成する必要はあるのか。
問Ⅰ１－２６実地の調査以外の調査においても調査結果の内容説明は必要か。
問Ⅰ１－２７調査における指摘事項に関する納税義務者又は税務代理人からの主張・陳述は、調査結果の内容説明時に聴取することとなるのか。
問Ⅰ１－２８調査結果の内容説明の際に、指導事項を併せて説明してもよいか。
問Ⅰ１－２９調査結果の内容を説明し、修正申告等を勧奨したが、納税義務者が修正申告書等の提出を拒否した場合、更正処理を行うこととなるのか。
問Ⅰ１－３０修正申告等の勧奨時において、修正申告書等の提出がなければ、「更正・決定」する旨を伝える際、行政手続法第35 条第２項の規定に従い、「更正・決定」をし得る根拠となる法令の条項等を示す必要はあるか。
問Ⅰ１－３１問題点等の提示等を行った際、納税義務者より事業税認定損を実額計算した修正申告書を提出する旨の申出があった。この場合、調査結果の内容説明は、納税義務者の提示した実額計算により行ってよいか。
問Ⅰ１－３２法人税に関する調査結果の内容説明において、事業税認定損を標準税率により算出し説明を行ったが、実額計算による金額に基づき修正申告書が提出された。この場合、調査結果の内容説明をやり直すのか。
問Ⅰ１－３３実地の調査の結果、納税義務者に対し、修正申告書の勧奨を行ったところ、非違事項の一部について修正申告書の提出があったが、他の非違事項は更正してほしいとの申立てがあった場合、どのように対応するのか。

（決議書の作成）
問Ⅰ１－３４実地の調査において、直近３期分を調査対象としたが、最終期以外は更正すべきと認められなかった。この場合、遡及期について、決議書を作成する必要はあるのか（遡及期はいずれも調査省略処理済みである。）。
（再調査）
問Ⅰ１－３５平成27 年度税制改正により、「実地の調査以外の調査」は先行調査に該当しないとされたが、平成27 年４月１日以後処理（又は着手）した「実地の調査以外の調査」なのか、同日前に処理（又は着手）したものも含まれるのか。
問Ⅰ１－３６合併法人の調査において、被合併法人の調査も併せて実施する場合には、被合併法人についても再調査の検討が必要か。
問Ⅰ１－３７実地の調査の結果、修正申告書が提出された事業年度について、その後、当該調査において調査対象とならなかった支店又は事業所の調査のために質問検査等を行うことは、再調査に該当するのか。
問Ⅰ１－３８査察調査の後、調査課に課税処理が引き継がれた場合は再調査に該当するのか。
問Ⅰ１－３９調査課で実地の調査を実施した事業年度について、その後、査察調査が実施され、調査課に新たな非違事項に係る資料情報の引継ぎが行われた。改めて当該調査対象事業年度について質問検査等を行う場合、再調査に該当するのか。
問Ⅰ１－４０手続通達６－８において規定している「新たに得られた情報とそれ以外の情報とを総合勘案した結果として非違があると合理的に推認される場合」の「それ以外の情報」とは具体的にどのようなものを指すのか。
２連結調査 ……………………………………………………………………………… １２
（１）調査の区分 ………………………………………………………………………… １２
問Ⅰ２－１連結グループの調査において、「調査の区分」を行う場面は、具体的にはどのようなものがあるのか。
問Ⅰ２－２調査の区分を行った場合において、区分の対象となった子法人の連結事業年度の実地の調査を実施する場合、親法人に対しては実地の調査を行っていないことから、当該親法人については再調査規定は適用されないこととなるのか。
問Ⅰ２－３子法人の調査は、区分して行われることが原則的な取扱いとなるのか。
問Ⅰ２－４「調査の区分」の法的根拠とその趣旨を問われた場合、納税義務者に対してはどのように説明すべきか。更に、区分して調査を行うことは、再調査規定の趣旨に反するのではないかと問われた場合にどのように説明すべきか。
目-6
問Ⅰ２－５「調査の区分」の同意を納税義務者から得る場合には、どのような説明及び手続が必要か。
（2）事前通知 …………………………………………………………………………… １３
問Ⅰ２－６子法人に対する源泉所得税調査が行われ、法人所得金額に影響が出た場合、子法人所轄部署は事前通知を行う必要があるか。
問Ⅰ２－７子法人の調査において「調査の目的」は、どのように通知すればよいか。
問Ⅰ２－８子法人の調査対象税目には、連結復興特別法人税や地方法人税を含めて事前通知する必要があるのか。また、その場合、「調査の目的」は、どのように通知すればよいか。
問Ⅰ２－９子法人に対してのみ調査を行う場合、親法人と子法人の両方に事前通知を行う必要があるのか。
問Ⅰ２－１０調査を行う各連結法人で事前通知を行うか否かの判断はそれぞれで行うのか。また、判断が異なる場合には、どのように対応するのか。
問Ⅰ２－１１連結グループに対する実地の調査の途中に、事前通知を行っていなかった子法人の実地の調査を実施することになった場合には、当該子法人及び親法人に対して新たに事前通知を行う必要があるのか。
問Ⅰ２－１２連結法人に対する実地調査の途中に、事前通知を行っていなかった事業年度について非違が疑われるため調査対象とする場合において、当該遡及事業年度が単体事業年度であるときには、新たに事前通知を行う必要があるのか。
また、遡及事業年度においては、別の連結グループに属している場合にはどうか。
（３）調査終了の際の手続 ……………………………………………………………… １６
問Ⅰ２－１３更正通知書の名宛人とはならない子法人に対する連結法人税の調査において、「更正決定等をすべきと認められない場合」とは、具体的にどのような場面を指すのか。
問Ⅰ２－１４調査を行わなかった子法人に、調査を行った他の連結法人の非違事項に基づき個別帰属額の異動額が発生した場合には、当該子法人に対して調査結果の内容説明を行う必要があるか。
問Ⅰ２－１５子法人に対する調査の結果、非違事項が他の連結法人の非違事項に基づき発生した個別帰属額の異動額のみであった場合には、当該子法人に対しては、調査結果の内容説明を行うのか、「更正決定等をすべきと認められない旨の通知」を行うのか。
問Ⅰ２－１６連結法人の実地の調査において、親法人については、直近３期分を調査対象としたが、特定の子法人は、直近２期分のみを調査対象とした場合、当該子法人が実地の調査を実施しなかった課税期間について「更正決定等をすべきと認められない旨の通知」を送付するのか。
問Ⅰ２－１７子法人に対する調査が終了した場合、当該子法人への調査結果の内容説明は、親法人の調査結果の内容説明の終了を待たずに行ってもよいか。
問Ⅰ２－１８日程調整が折り合わず、子法人への調査結果の内容説明を実施する日が、親法人に対して更正決定通知書等を発送する日（施行日）以降となった場合、そのまま通知（施行）してもよいか。
問Ⅰ２－１９連結グループを離脱し単体法人となった法人に調査を実施し、把握した非違事項が連結事業年度まで遡及した場合には、調査結果の内容説明はどのように行ったらよいか。また、親法人に対してはどのように説明を行えばよいか。
問Ⅰ２－２０連結所得に係る法人税の修正申告書を親法人に勧奨するに当たって、子法人にも教示が必要か。
問Ⅰ２－２１同意がある場合には、子法人の調査結果等について親法人に対して説明することができるとされているが、この同意の手続如何。
問Ⅰ２－２２調査結果の内容説明につき、同意があった場合には、子法人の消費税に係る調査結果の内容説明も合わせて親法人に対して行ってもよいか。
（４）再調査 ……………………………………………………………………………… １８
問Ⅰ２－２３前回の連結法人に対する実地の調査で質問検査等の対象とならなかった子法人について、今回の調査で、前回調査対象の連結事業年度につき、当該子法人に質問検査等を行う場合には、再調査となるのか。
問Ⅰ２－２４子法人の実地の調査において、直近３期分を調査対象としたが、最終期以外は更正すべきと認められなかった。この場合、遡及期について、決議書（調査事績書等）を作成する必要があるのか。（遡及期はいずれも調査省略済みである。）

３通算法人調査 ………………………………………………………………………… ２０
（１）事前通知 …………………………………………………………………………… ２０
問Ⅰ３－１複数の通算法人に対して調査を行う場合、事前通知はどのように行うか。また、通算親法人に対して調査対象通算子法人の連絡を行ってよいか。
問Ⅰ３－２調査を行う各通算法人で事前通知を行うか否かの判断はそれぞれの調査部署が行うのか。また、判断が異なる場合には、どのように対応するのか。
問Ⅰ３－３連結事業年度を含む複数の事業年度を調査対象とする場合、事前通知はどのように行うのか。
問Ⅰ３－４通算グループに対する実地の調査の途中に、調査の対象としていなかった
通算子法人の実地の調査を当該通算子法人所轄部署が実施することになった場合には、当該通算子法人及び通算親法人に対して新たに事前通知を行う必要があるのか。
問Ⅰ３－5 通算法人に対する実地の調査の途中に、事前通知を行っていなかった事業年度（遡及事業年度）について非違が疑われるため調査対象とする場合において、その遡及事業年度が連結事業年度であるときには、新たに事前通知を行う必要があるのか。また、その遡及事業年度が別の通算（連結）グループに属する
ものであった場合にはどうか。
問Ⅰ３－６通算子法人に対する源泉所得税調査が行われ、当該通算子法人の所得金額に影響が出た場合、通算子法人所轄部署はどのように是正を行うのか。

（２）調査終了の際の手続 ……………………………………………………………… ２１
問Ⅰ３－７調査を行わなかった通算子法人において、調査を行った他の通算法人の非違事項の影響により当該通算子法人の所得金額等が変動した場合には、当該通算子法人に対して調査結果の内容説明を行う必要があるか。
問Ⅰ３－８通算子法人に対する調査の結果、他の通算法人の非違事項の影響のみにより所得金額等が変動した場合、当該通算子法人に対しては、調査結果の内容説明を行うのか、「更正決定等をすべきと認められない旨の通知」を行うのか。
問Ⅰ３－９調査結果の内容説明につき、同意があった場合には、通算子法人の調査結果の内容説明も合わせて通算親法人に対して行ってもよいか。
問Ⅰ３－１０通算法人の実地の調査において、通算前所得金額に変動があったにもかかわらず、遮断措置規定が不適用となることにより損益通算の再計算を行った結果、（損益通算後の）所得金額が変動しないこと（申告是認）となった場合、当該通算法人に対する調査結果の内容説明を行う必要があるか。
問Ⅰ３－１１他の通算法人の非違事項の影響により、調査を行っている通算法人の所得金額等が変動した場合、当該通算法人に対する調査結果の内容説明はどのように行うのか。
問Ⅰ３－１２通算子法人に対する調査が終了した場合、当該通算子法人への調査結果の内容説明は、通算親法人への調査結果の内容説明の終了を待たずに行ってもよいか。
問Ⅰ３－１３通算グループを離脱し通算法人以外の法人となった法人に調査を実施し、把握した非違事項が通算事業年度まで遡及した場合には、調査結果の内容説明はどのように行ったらよいか。また、当該法人に係る通算親法人に対してはどのように説明を行えばよいか。
問Ⅰ３－１４法人税の修正申告書を通算親法人に勧奨するに当たって、通算子法人にも教示が必要か。

（３）再調査 ……………………………………………………………………………… ２３
問Ⅰ３－１５他の通算法人の所得金額等の誤りにより、既に実地の調査を終了した通算業年度の所得金額等が変動する場合、当該通算事業年度について再調査を行うことはできるか。
（４）運営上の留意点・その他 ………………………………………………………… ２４
問Ⅰ３－１６通算親法人の経理担当者等が通算子法人の実地の調査に立ち会うことは可能か。
問Ⅰ３－１７他局の通算法人に対して調査を行うことは可能か。
問Ⅰ３－１８調査において把握された通算法人の所得金額等の誤りにより、外国税額控除に係る再計算を行った結果、進行年度調整額が生じた場合、調査結果の説明を行う必要があるか。
問Ⅰ３－１９外国税額控除の進行年度調整に係る調査結果の説明が必要になる「調査」は、実地調査に限られるか。
問Ⅰ３－２０調査において、更正決定等をすべきと認められない旨の通知をする場合であっても、外国税額控除に係る進行年度調整の調査結果説明を要するか。
問Ⅰ３－２１調査省略対象としていた通算法人について、他の通算法人の調査等の影響により外国税額控除に係る進行年度調整額が生じた場合であっても、外国税額控除の進行年度調整に係る調査結果説明が必要か。
問Ⅰ３－２２外国税額控除に係る進行年度調整を要する通算法人が適切な調整を行わなかった場合、どのような対応を取ればよいか。
問Ⅰ３－２３外国税額控除に係る進行年度調整の要因となった処分について、通算法人が納得しておらずグループ全体として不服申立てが見込まれる場合には、どのように対応すべきか。
問Ⅰ３－２４外国税額控除の進行年度調整に係る調査結果の説明の際に、教示文の交付
は必要ですか。

４移転価格調査 ………………………………………………………………………… ２８
（１）調査の区分 ………………………………………………………………………… ２８
問Ⅰ４－１「移転価格調査」とは「措置法第66 条の4…の適用を目的とする実地調査」とされているが、具体的にはどのような調査をいうのか。
問Ⅰ４－２移転価格調査と一般法人税調査を区分した場合において、移転価格調査には、役務提供事案のような簡易移転価格調査が含まれるか。
問Ⅰ４－３移転価格調査専担者が、一般法人税調査に同行して移転価格調査を実施する場合にも調査の区分の同意の有無を確認することになるのか。
問Ⅰ４－４調査の区分の同意の有無を確認する際は、どのような手順で行うことになるのか。
問Ⅰ４－５調査の区分の同意の有無を確認する際は、どのように説明することになるのか。
問Ⅰ４－６調査の区分の同意を得た移転価格調査の途中で一般法人税調査を実施することはできるのか。
問Ⅰ４－７連結法人に係る移転価格調査とそれ以外の部分の調査の区分はどのような手順で行うことになるのか。
問Ⅰ４－８調査の区分に同意した納税義務者から、移転価格調査の実施時期等について要望があった場合どのように対応することとなるのか。
問Ⅰ４－９調査の区分がなされた移転価格調査において、所得移転額に連動して申告調整項目の再計算を行う必要がある場合、移転価格調査担当者において更正を行うこととなるのか。
問Ⅰ４－１０調査の区分がなされた移転価格調査において、移転価格以外の非違項目が把握された場合どのように対応することとなるのか。
問Ⅰ４－１１ X 年度につき調査の区分の同意に基づき移転価格調査を先行実施し、調査中に新たに到来したX+1 年度について区分の同意を求めたところ、同意が得られず一般法人税調査とあわせて一の調査として実施することとした場合、一般法人税調査については結果的にX 年度とX+1 年度を区分して事前通知・
処理を行うことになるのか。
（２）事前通知 …………………………………………………………………………… ３１
問Ⅰ４－１２調査の区分を行う場合、移転価格調査の事前通知において「調査の目的」に関して、どのように説明することとなるのか。
問Ⅰ４－１３移転価格調査と一般法人税調査を一の調査として実施する場合で、同時に着手しない場合の事前通知はどのようになるのか（調査担当者、調査対象事業年度、調査対象帳簿の範囲等）。
（３）調査終了の際の手続 ……………………………………………………………… ３２
問Ⅰ４－１４更正決定等をすべきと認められない旨の通知は、調査の区分がなされた移転価格調査においても、「法人税」とのみ表示されることとなるのか。
問Ⅰ４－１５調査結果の説明書の作成に当たり、詳細については「最終意見書」を別添することとしてもよいか。
問Ⅰ４－１６移転価格調査を実施した場合において、相互協議を申し立てる予定のない国外関連者との取引に係る所得移転額については修正申告書を提出するが、相互協議の申立てを予定している国外関連者との取引に係る所得移転額については更正して欲しいとの納税義務者からの申立てがあった場合、どのように対応することとなるのか。
（４）再調査 ……………………………………………………………………………… ３３
問Ⅰ４－１７これまで一般法人税調査において移転価格上の問題点を把握した場合には、一旦、移転価格以外の非違事項のみ先に更正処理し、移転価格に関する問題事項については引き続き調査を継続し再更正処理を行ってきたが、この場合における移転価格に関する調査は、通則法上の再調査に該当するのか。
問Ⅰ４－１８移転価格調査において国外関連者との切出し損益資料の検討を行った結果、「所得移転の蓋然性」が想定された場合において、当該国外関連者との取引が一般法人税調査により処理済みの事業年度より継続していた場合の再調査の適否如何。
問Ⅰ４－１９移転価格調査と一般法人税調査を区分した場合において、移転価格調査の際に、一般法人税調査で処理済みの事業年度に係る国外関連者に対する寄附金の問題点を把握した場合の一般法人税調査の再調査の適否如何。
（５）運営上の留意点・その他 ………………………………………………………… ３４
問Ⅰ４－２０相手国課税による相互協議に基づく対応的調整により、減額更正（更正の請求書の提出が前提）を行う場合も調査として取り扱われるのか。
問Ⅰ４－２１我が国課税に係る相互協議の合意に基づき、職権により減額更正を行う場合も調査として取り扱われるのか。
問Ⅰ４－２２我が国課税に係る相互協議の合意に基づき職権により減額更正を行うことに伴い、その後続年度における外国税額控除の控除限度額等に影響を及ぼすため更正を行う場合も調査として取り扱われるのか。
問Ⅰ４－２３移転価格に関する更正の請求書が提出された場合はどのように対応するのか。
問Ⅰ４－２４措置法第66 条の4 第17 項又は第18 項若しくは令和２年旧措置法第68条の88 第17 項又は第18 項に基づき同業者に対して臨場による質問検査を実施する場合は、どのような手続によるのか。

５外国法人調査 ………………………………………………………………………… ３７
（１）事前通知 …………………………………………………………………………… ３７
問Ⅰ５－１無申告が想定される外国法人の申告義務の有無を確認するため、その外国法人の国内にある事務所等に臨場する場合、事前通知は必要か。
問Ⅰ５－２国内に事務所等を有していない外国法人の調査を行うため、納税管理人の事務所等やその外国法人が指定した場所へ臨場する場合、事前通知は必要か。
問Ⅰ５－３納税義務者が国内に事務所等を有していない場合で、納税管理人が選任されていないときは、納税義務者に対しどのように事前通知を行えばいいか。
問Ⅰ５－４外国法人に対し実地の調査を行う場合において、通知事項の「納税義務者の住所又は居所」は、外国法人の本店の所在地を通知するのか。
（２）調査終了の際の手続 ……………………………………………………………… ３８
問Ⅰ５－５無申告が想定される外国法人の申告義務の有無を確認するため実地の調査を実施した結果、国内源泉所得が認められないことから、申告義務がないと判断された場合、「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」を送付する必要があるか。また、この場合、決議書の作成は必要か。

Ⅱ 調査省略等 ……………………………………………………………… ３９
１行政指導 ……………………………………………………………………………… ３９
（１）総論 ………………………………………………………………………………… ３９
問Ⅱ１－１行政指導とは何か。
問Ⅱ１－２調査と行政指導（調査に該当しない行為）の違いは何か。
問Ⅱ１－３行政指導による接触は、従前の調査省略の方法とどのような点で異なるのか。
問Ⅱ１－４調査省略における行政指導による接触と調査による接触の判断基準はある
のか。
問Ⅱ１－５無申告の納税義務者に対して行政指導を行い、申告書の提出を受けたが、この場合の無申告加算税の賦課決定の処分自体は「調査」に該当するので、15%（20%）の賦課決定を行うこととなるのか。
（２）行政指導の方法・手続 …………………………………………………………… ４０
問Ⅱ１－６行政指導により接触する場合（添付資料の漏れ、計算誤り、法令の適用誤り）には、どのように納税義務者に対して説明すればよいか。
問Ⅱ１－７行政指導により接触する場合において、基礎的な情報（資料）の自発的な提出を依頼するときは、どの程度の情報（資料）を依頼することができるのか。
問Ⅱ１－８行政指導を臨場により行った場合には、実地の調査となるのか。
問Ⅱ１－９行政指導において、当局から積極的に法令の適用誤り等が疑われる事項の内容・金額を教えることはできないのか。
問Ⅱ１－１０納税義務者から具体的な誤り等の内容について詳細な説明を求められた場合、どのように対応するのか。
問Ⅱ１－１１行政指導による接触の際、納税義務者から書面により確認項目を求められた場合には、どのように対応すればよいか。
問Ⅱ１－１２行政指導を口頭で行った際、納税義務者から行政手続法第35 条第３項の規定に基づき、書面交付を求められた場合、どのように対応するのか。
問Ⅱ１－１３行政指導による接触で、誤りがあることが判明したため、自主修正申告書（更正の請求書）の提出を促したが、納税義務者から、更正を強く要望された場合、どのように対応するのか。
問Ⅱ１－１４納税義務者から、加算税を賦課決定されてでも、調査により誤りを是正してもらいたい旨の申立てがあった場合、どのように対応するのか。
問Ⅱ１－１５還付保留の審査は行政指導により行うのか。
問Ⅱ１－１６消費税の固有の納税義務の有無を確認するための照会は行政指導により行うのか。
問Ⅱ１－１７行政指導による接触の結果、所得金額が減少する誤りが把握されたが、納税義務者より、更正の請求書の提出はなく、職権による減額更正を強く求められた場合、どのように対応するのか。
（３）調査への移行 ……………………………………………………………………… ４３
問Ⅱ１－１８どのような場合に行政指導から調査に移行することとなるのか。また、このような場合には、どのように納税義務者に説明したらよいか。
問Ⅱ１－１９行政指導による接触を行っている過程で、多額な非違事項を把握した場合には、調査に移行することとなるのか。
問Ⅱ１－２０行政指導から調査に移行する必要がある場合には、速やかに調査着手する必要があるのか。
問Ⅱ１－２１行政指導に応じない場合には、課税標準等又は税額等を認定するために税務調査を行うことがある旨を伝える際、行政手続法第35 条第２項の規定に従い、税務調査をし得る根拠となる法令の条項等を示す必要はあるか。
（４）再調査 ……………………………………………………………………………… ４４
問Ⅱ１－２２行政指導により処理した課税期間に係る通則法第74 条の11 第５項（再調査規定）の適用関係如何。
（５）連結法人に対する行政指導 ……………………………………………………… ４４
問Ⅱ１－２３ある一の子法人の調査省略を実地の調査以外の調査により行った場合、親法人を含むその他の連結法人について行政指導による接触を行っていたとしても、その連結グループ全体が実地の調査以外の調査ということになるのか。
問Ⅱ１－２４実地調査対象連結グループの省略対象子法人における調査省略事務は、どのような事務区分（行政指導、机上調査）で処理することとなるのか。
問Ⅱ１－２５調査省略対象連結グループの子法人に対する行政指導により把握した申告書（個別帰属額届出書）上の誤りについては、親法人所轄部署から親法人に対して説明する必要があるのか。また、この場合に誤りの内容を伝える行為は、具体的な非違事項の指摘に当たるのではないか。
問Ⅱ１－２６連結グループ全体について行政指導で接触することとしたものの、それぞれの連結法人で対応が異なる（行政指導を受け入れるか否か）場合、どのように対応するのか。
（６）税務代理人に対する行政指導 …………………………………………………… ４５
問Ⅱ１－２７代理権限証書がある場合の税務代理人に対する行政指導はどのように対応すればよいのか。
（７）運営上の留意事項・その他 ……………………………………………………… ４５
問Ⅱ１－２８法人税又は消費税のいずれかを行政指導による対応とし、その他を調査で対応することはできるのか。
問Ⅱ１－２９部内審理の過程で把握した問題事項について、次回調査時に解明することとし、未処理で繰り越すこととしてもよいか。また、どのくらいの期間、未処理繰越としてもよいか。
問Ⅱ１－３０行政指導による接触の過程で把握した誤りについて、未処理で繰り越すことはできるか。また、その場合には、どのように納税義務者に説明すればよいか。
問Ⅱ１－３１期限後申告書に対する無申告加算税賦課決定通知書を送付する旨の納税義務者への連絡は「行政指導」と「調査」のいずれに該当するのか。また、その際に、申告書の提出が期限後になった理由について確認する行為は「行政指導」と「調査」のいずれに該当するのか。
問Ⅱ１－３２源泉所得税調査により、法人所得金額に影響のある非違が把握されたため、各課部門事務連絡せんの回付を受けたが、その課税処理を行うために納税義務者に接触する場合は、行政指導として接触することになるのか。
２事前確認に係る報告書（年次報告書の検討） …………………………………… ４８
（１）総論 ………………………………………………………………………………… ４８
問Ⅱ２－１年次報告書の検討は、法人税に関する「調査」に該当するのか。
問Ⅱ２－２年次報告書の検討において確認法人に接触する場合、「調査」に該当するとの誤解を生むのではないか。
問Ⅱ２－３年次報告書の検討は、全体として、「行政指導」として位置付けられるのではないか。
（２）行政指導の方法・手続 …………………………………………………………… ４９
問Ⅱ２－４年次報告書の検討において行政指導として接触する場合に、どの程度の行為を行うことができるのか。
問Ⅱ２－５確認法人は、行政指導を受けているのか、それとも、調査を受けているのか、わからないのではないか。
（３）調査への移行 ……………………………………………………………………… ４９
問Ⅱ２－６他の調査との調整に関して、どのように局内の関係各課と調整するのか。
問Ⅱ２－７年次報告書の調査を他の調査と区分することは可能か。
問Ⅱ２－８どのような場合に調査に移行するのか。
問Ⅱ２－９どのような場合に実地の調査以外の調査を行うのか（確認法人が行政指導に応じない場合には、必ず実地の調査を行うことになるのではないか。）。また、目-16
年次報告書の検討において実地の調査以外の調査に移行する場合には、どのように調査に移行するのか。
問Ⅱ２－１０どのような場合に実地の調査を行うのか。また、年次報告書の検討において実地の調査に移行する場合には、どのように調査に移行するのか。
（４）調査の終了 ………………………………………………………………………… ５０
問Ⅱ２－１１年次報告書の検討において実地の調査以外の調査を行った場合、どのように調査を終了するのか。
問Ⅱ２－１２年次報告書の検討において実地の調査を行った場合、どのように調査を終了するのか。
問Ⅱ２－１３調査の結果、修正申告書等の提出が必要な確認法人がこの提出に応じない場合には、どのような対応が必要か。
（５）再調査 ……………………………………………………………………………… ５２
問Ⅱ２－１４他の実地の調査が先に終了している場合には、通則法第74 条の11 第５項（再調査規定）の規定の適用を受けて、年次報告書の調査を実施することができないのではないか。
問Ⅱ２－１５年次報告書に係る実地の調査を行う場合において、他の実地の調査の実施が予定されていない事業年度については、年次報告書の調査だけを行うのか。
問Ⅱ２－１６他の実地の調査が年次報告書の調査に先行して行われている場合（調査中の場合）、通則法第74 条の11 第５項（再調査規定）の規定の適用を受けて、年次報告書の調査を実施することができないのではないか。
問Ⅱ２－１７他の実地の調査が先に終了している場合であっても、年次報告書が「新たに得られた情報」に該当する場合には年次報告書の調査を実施することができるのか。
問Ⅱ２－１８終了した年次報告書に係る実地の調査は、先行調査に含まれるのか。
（６）その他（運営上の留意事項ほか） ……………………………………………… ５３
問Ⅱ２－１９事前確認審査のため、申出法人の納税地に臨場する場合、事前通知は必要か。
問Ⅱ２－２０事前確認の不確認又は取消に理由附記は必要か。
３更正の請求 …………………………………………………………………………… ５５
（１）総論 ………………………………………………………………………………… ５５
問Ⅱ３－１更正の請求の処理に当たっての通則法における調査手続の適用関係如何。
問Ⅱ３－２更正の請求に係る部内審査の過程で、添付書類等の不足が確認されたことから、納税義務者に対し、添付書類の提出を依頼したところ、当該納税義務者から添付が必要な書類等を教えて欲しい旨の申立てがあった。この場合における当該必要書類等を確認するために行う請求内容についての聴き取りは「調査」に当たるのか。
問Ⅱ３－３部内審査の過程で更正の請求金額に誤りがあると思われる場合に、納税義務者にその内容を確認する行為は「調査」に当たるのか。
問Ⅱ３－４更正の請求が通則法第23 条に掲げる要件を満たさないことが明らかであるため、納税義務者に質問検査等を行わず、「更正の請求に対してその更正をすべき理由がない旨の通知書」を通知する場合の調査手続の適用関係如何。
（２）部内審査（理由・添付資料）の方法・手続 …………………………………… ５６
問Ⅱ３－５法令上添付義務のある書類等を臨場して徴求した場合には、実地の調査として各調査手続規定の対象となるのか。
問Ⅱ３－６法令上添付義務のある書類等について再三にわたり追加の提出を求めたにもかかわらず、必要な書類等の提出がなく審査を行うことが困難である場合には、更正の請求に理由がない旨の通知を行うこととなるのか。
（３）請求事項以外の事項の審査 ……………………………………………………… ５６
問Ⅱ３－７更正の請求に対し、部内審理のみで請求どおりに更正しようとした際、更正の請求に係る事項以外の事項について、法令の適用誤りを把握した場合にはどのように処理すればよいか。
（４）他の税目・課税期間への影響 …………………………………………………… ５６
問Ⅱ３－８更正の請求が提出された場合で、この更正の結果、更正の請求に係る税目・課税期間以外の税目・課税期間に影響するときには、同時処理として当該他の税目・課税期間の更正を行うこととなるのか。
（５）運営上の留意事項・その他 ……………………………………………………… ５７
問Ⅱ３－９納税義務者から、更正の請求を提出した場合には、必ず実地の調査により確認を受けることとなるのかと問われた場合、どのように対応するのか。
問Ⅱ３－１０実地の調査の着手前に更正の請求書が提出された場合はどのように対応するのか。
問Ⅱ３－１１実地の調査を行っている最中に、更正の請求がなされた場合、どのように対応するのか。
問Ⅱ３－１２法人税に係る更正の請求がなされたため、実地の調査を行うこととしたが、通常の調査期間を考慮すると、3 ヶ月以内の処理は困難となるが、この場合、どのように対応すればよいか。
目-18
Ⅲ 資料収集 ………………………………………………………………… ５９
1 総論 …………………………………………………………………………………… ５９
問Ⅲ１－１調査時における資料情報の収集に当たり、法令上の調査手続規定の適用はあるのか。
２実地の調査の際に収集する場合 …………………………………………………… ５９
（１）共通事項 …………………………………………………………………………… ５９
問Ⅲ２－１調査担当者が納税義務者に対し、調査の対象となる帳簿書類等とは別に、資料情報の収集のみを目的として帳簿書類等の提供を依頼した際、「調査の一環で収集するのか。」と問われた場合、どのように対応するのか。
問Ⅲ２－２資料情報の収集のみを目的として調査対象の課税期間以外の帳簿書類等の提出を依頼することは可能か。
問Ⅲ２－３資料情報の収集のみを目的として帳簿書類等（現物）の提出を依頼し、それを預かる場合は、「留置き」の手続を行う必要はあるのか。
問Ⅲ２－４調査の際に通知した調査対象税目以外の税目（例えば、源泉所得税や印紙税など）に関して、その納付状況等の聴き取りを行うことは可能か。
（2）調査課の資料収集担当者が実地の調査に同行し収集する場合 ……………… ６０
問Ⅲ２－５調査課の資料収集担当者が実地の調査に同行する場合は、「事前通知」の際に、資料収集担当者が資料情報の収集を目的として同行する旨を併せて通知する必要があるのか。
（3）課税部の資料収集担当者が実地の調査に同行し収集する場合 ……………… ６０
問Ⅲ２－６課税部の資料収集担当者が実地の調査に同行する場合は、「事前通知」の際に、課税部の資料収集担当者が資料情報の収集を目的として同行する旨を併
せて通知する必要があるのか。
３資料情報の収集のみを目的として納税義務者に接触する場合 ………………… ６０
問Ⅲ３－１資料情報の収集のみを目的として納税義務者に接触する場合は、法令上の調査手続規定の適用はあるのか。

Ⅳ 電子帳簿保存法関係 …………………………………………………… ６１
問Ⅳ１－１電子帳簿保存法の規定を適用している納税義務者に実地の調査を行う場合、「調査の対象となる帳簿書類その他の物件」は、どのように通知するのか。
問Ⅳ１－２「その他の物件」には、いわゆる電子帳簿保存法に規定するパソコン、プリンター、操作マニュアル等も含むのか。
問Ⅳ１－３加算税の賦課決定に当たって、過少対象と重加対象の所得金額がある場合、重加算税が少額不徴収（5,000 円未満）となるときであっても、「仮装隠蔽の事実」等について附記する必要はあるのか。

第２章調査手続等における応答要領（シナリオ）
Ⅰ 実地の調査 ………………………………………………………………… １
１連結調査 ……………………………………………………………………………… １
２通算法人調査 ………………………………………………………………………… ５
３移転価格調査 ……………………………………………………………………… １０
Ⅱ 調査省略等 ……………………………………………………………… １４
１行政指導 …………………………………………………………………………… １４
２外国法人無申告実態確認 ………………………………………………………… １７
３事前確認に係る報告書（年次報告書）の検討 ………………………………… ２１
４更正の請求 ………………………………………………………………………… ２４
Ⅲ 資料収集 ………………………………………………………………… ２７

Junya IZUMI/クリプト税制研究者